En mars 2017, la Médiatrice a ouvert cette enquête d’initiative sur la transparence des discussions sur les projets de législation au sein des instances préparatoires du Conseil de l’UE. Au cours de l'enquête, le Médiateur a posé des questions spécifiques au Conseil, lancé une consultation publique et inspecté les dossiers législatifs du Conseil.

La Médiatrice a estimé que les pratiques du Conseil constituaient un cas de mauvaise administration. En particulier, elle a critiqué l’absence d’enregistrement systématique par le Conseil de l’identité des États membres qui prennent position sur les projets de législation au sein des instances préparatoires. Elle critique également la pratique répandue consistant à restreindre l’accès aux documents législatifs (en les qualifiant de «LIMITE») pendant que le processus décisionnel est en cours.

Dans sa recommandation du 9 février 2018, la Médiatrice a formulé trois recommandations spécifiques et plusieurs suggestions au Conseil sur la manière d’améliorer la transparence de son processus législatif.

Le Conseil n'a pas répondu aux recommandations de la Médiatrice dans le délai légal de trois mois. La Médiatrice a donc clôturé l’affaire, confirmant ses conclusions, ses recommandations et ses suggestions d’amélioration. À la suite de cela, elle a présenté un «rapport spécial» au Parlement européen, qui a approuvé ses conclusions.