V nariadení (ES) č. 2187/2005 o ochrane zdrojov rybolovu vo vodách Baltského mora, Beltov a Øresundu prostredníctvom technických opatrení sa od Komisie vyžaduje, aby do 1. januára 2008 zabezpečila vedecké posúdenie účinkov používania najmä žiabroviek, viacstenných žiabroviek a zakliesňovacích sietí na veľrybotvaré cicavce a aby sa jeho zistenia predložili Európskemu parlamentu a Rade.

Komisia požiadala vedecký inštitút, aby vykonal takéto posúdenie, ale vedecký inštitút tak nemohol urobiť z dôvodu chýbajúcich relevantných správ o náhodných úlovkoch veľrybotvarých cicavcov. Tieto správy mali členské štáty predložiť Komisii podľa iného nariadenia.

V roku 2009 Komisia prijala oznámenie, v ktorom informovala Parlament a Radu, že vedecké posúdenie nie je možné vykonať. Sťažovateľ, poľský rybár, tvrdil, že v dôsledku toho si Komisia nesplnila svoju povinnosť podľa nariadenia č. 2187/2005. Sťažovateľ sa preto obrátil na ombudsmana.

Počas vyšetrovania ombudsmanky Komisia neodôvodnila, prečo nevyužila všetky prostriedky, ktoré mala k dispozícii, na zabezpečenie vnútroštátneho súladu s iným nariadením, a teda neposkytla vedeckému ústavu potrebné údaje na posúdenie požadované nariadením 2187/2005. Ombudsmanka sa domnievala, že toto zlyhanie predstavovalo prípad nesprávneho úradného postupu. Vyjadril kritickú pripomienku v tom zmysle, že Komisia nepreukázala, že je objektívne nemožné, aby sa zbavila povinnosti zabezpečiť, aby sa do 1. januára 2008 vykonalo vedecké posúdenie účinkov používania najmä žiabroviek, viacstenných žiabroviek a zakliesňovacích sietí na veľrybotvaré cicavce.

Sťažovateľ, francúzska univerzita, sa zúčastnil na konzorciu, ktoré vypracovalo projekt sponzorovaný Komisiou. Po tom, ako sa sťažovateľ stretol s problémami s koordinátorom, stiahol sa z projektu. Komisia potom požiadala o vrátenie časti platieb, ktoré uskutočnila v prospech sťažovateľa. Sťažovateľ považoval tvrdenia Komisie za nespravodlivé a obrátil sa na ombudsmana.

Ombudsman začal vyšetrovanie, v rámci ktorého mu Komisia poskytla podrobný opis súm, ktoré vyplatila sťažovateľovi. Vysvetlila, že sťažovateľ nepredložil potrebné správy a výsledky včas, ako sa vyžaduje v zmluve. Ďalej sa odvolala na návrh, ktorý predložila koordinátorovi, aby sťažovateľ poskytol príslušné dokumenty aj po uplynutí zmluvnej lehoty.

Keďže sa zdá, že sťažovateľ o uvedenom návrhu nevedel, ombudsman požiadal Komisiu, aby zvážila prijatie predloženia správy sťažovateľa týkajúcej sa jeho účasti na projekte. Komisia súhlasila a uviedla, že v odôvodnených prípadoch môže takisto znížiť sumy požadované od navrhovateľa. Ombudsmanka zistila, že Komisia sťažnosť vyriešila a prípad uzavrela.

S cieľom chrániť udržateľnosť rybárstva EÚ môže zákonodarca EÚ prijať opatrenia na obmedzenie rybolovného úsilia v celej Únii. V nariadení Rady, ktorým sa na rok 2007 stanovuje počet dní rybolovu vo vodách Spoločenstva, sa počet dní pridelených osobitnej kategórii plavidiel loviacich na západe Škótska znížil o 10 % – z 280 dní v roku 2006 na 252 dní. V dôsledku toho sa združenie rybárov Clyde, ktoré zastupuje rybárov v dotknutej oblasti, obrátilo na ombudsmana. Sťažovateľ tvrdil, že uvedené zníženie bolo výsledkom administratívnej chyby, ktorej sa dopustila Európska komisia v neoficiálnom dokumente, ktorý bol základom diskusií o tejto otázke v Rade. Podľa navrhovateľa Komisia omylom zamenila príslušné stĺpce týkajúce sa západu Škótska a Severného mora v tabuľke, v ktorej sa uvádzajú navrhované zníženia.

Komisia vo svojom stanovisku tvrdila, že uvedené zníženie prediskutovali a schválili členské štáty a že nedošlo k žiadnej administratívnej chybe.

Po dôkladnom preskúmaní neoficiálneho dokumentu ombudsman zistil, že hoci uvedená tabuľka obsahovala návrh na skrátenie rybolovných dní pre západ Škótska, vo vysvetleniach uvedených v neoficiálnom dokumente sa takéto skrátenie nepredpokladalo. Ombudsman preto dospel k záveru, že skutočne došlo k administratívnej chybe. Predložil preto Komisii návrh odporúčania, v ktorom ju vyzval, aby uznala chybu a, pokiaľ je to ešte možné, prijala nápravné opatrenia.

Komisia návrh odporúčania zamietla. Zopakovala svoj argument, že príslušný návrh bol predložený úmyselne a bol založený na vedeckých dôkazoch, ktoré preukázali, že treska škvrnitá na západe Škótska je v kritickom stave. Komisia tiež uviedla, že neoficiálny dokument nie je relevantný vzhľadom na to, že bol nahradený jej formálnym návrhom nariadenia Rady. Okrem toho, aj keby došlo k chybe, už by nebolo možné prijať nápravné opatrenia.

Ombudsman vo svojom rozhodnutí poukázal na to, že skutočnosť, že neoficiálny dokument bol nahradený formálnym legislatívnym návrhom Komisie, neznamená, že už nie je potrebné skúmať možný nesprávny úradný postup týkajúci sa neoficiálneho dokumentu. Ombudsman ďalej zistil, že z dostupných dôkazov vyplýva, že odborné orgány odporučili, aby sa v roku 2007 na západe Škótska ani v Severnom mori nelovila žiadna treska. Neoficiálny dokument Komisie sa však nerozhodol pre úplný zákaz, ale navrhol, aby sa znížil počet flotíl, ktoré majú najväčší vplyv na populácie tresky. Pokiaľ ide o západ Škótska, Komisia sa domnievala, že sa to týka flotíl, ktoré ulovili viac ako 50 ton tresky. Zdá sa však, že kategória plavidiel, ktorých sa týka prejednávaná vec, nepatrí do tejto skupiny. Ombudsman preto potvrdil svoj názor, že došlo k administratívnej chybe. Vzhľadom na to, že argumenty Komisie týkajúce sa nemožnosti prijať nápravné opatrenia sa zdali byť primerané, ombudsmanka prípad uzavrela kritickou poznámkou.