A boa gestão dos fundos da UE é uma área central de trabalho do Provedor de Justiça Europeu. A UE fornece financiamento sob a forma de subvenções a projetos ou organizações que promovem os interesses comuns da UE ou ajudam a executar um programa ou política da UE. A UE também atribui parte do seu orçamento a contratos públicos, utilizados para serviços e material necessário ao trabalho das instituições europeias ou à implementação de políticas da UE.

O Provedor de Justiça Europeu visa assegurar que as instituições, órgãos e organismos da UE gerem adequadamente os programas de financiamento e os concursos públicos. Tal implica agirem de acordo com o quadro jurídico pertinente e lidarem com os parceiros de financiamento e contratantes de forma justa e em conformidade com os princípios de boa administração. O Provedor de Justiça Europeu trata de casos que dizem respeito à atribuição de subvenções e contratos, bem como de certos aspetos relativos à execução dos contratos.

O papel do Provedor de Justiça Europeu nos casos relativos à adjudicação de contratos é examinar se houve um erro manifesto de avaliação ou um erro processual. O Provedor de Justiça Europeu pode examinar se o organismo da UE em questão agiu em conformidade com as disposições legais do contrato, o Regulamento Financeiro da UE e outras disposições legais aplicáveis, bem como com os princípios de boa administração. O papel do Provedor de Justiça Europeu não consiste em reavaliar uma proposta de projeto ou concurso, nem em mediar litígios contratuais.