As instituições da UE devem assegurar que o seu trabalho não viola os direitos fundamentais das pessoas. O papel do Provedor de Justiça Europeu é assegurar-se de que dispõem de procedimentos e práticas para a defesa dos direitos fundamentais e que estes são devidamente aplicados.

Algumas áreas de trabalho das instituições e agências da UE estão mais expostas a potenciais violações dos direitos fundamentais, nomeadamente relacionadas com as responsabilidades crescentes da UE nas áreas da gestão das fronteiras e asilo. Este tem sido um foco especial para o Provedor de Justiça Europeu.

O orçamento da UE deve também ser executado de forma a respeitar os direitos fundamentais e a promover os compromissos da UE em matéria de direitos fundamentais, incluindo os direitos das pessoas com incapacidade (ao abrigo da Convenção das Nações Unidas sobre os Direitos das Pessoas com Deficiência). As instituições e agências pertinentes da UE têm um papel de monitorização e verificação, e o Provedor de Justiça Europeu deve procurar assegurar-se de que cumprem o seu papel.

O Provedor de Justiça Europeu recebe regularmente queixas de indivíduos que acreditam que os seus direitos foram violados. Pode também analisar questões mais sistémicas de direitos fundamentais relacionadas com o trabalho da administração da UE.