O Provedor de Justiça Europeu pode examinar queixas de membros do pessoal da administração da UE. No entanto, o Provedor de Justiça Europeu não tem o poder de anular uma decisão tomada pela administração.

Antes de recorrer ao Provedor de Justiça Europeu, o membro do pessoal em questão deve ter feito pleno uso do procedimento interno aplicável às queixas administrativas. Para a maioria dos casos, o procedimento é o estabelecido no artigo 90.º do Estatuto dos Funcionários da União Europeia e Regime Aplicável aos outros agentes da União Europeia.

Contudo, se uma instituição, órgão ou organismo da UE apenas não tiver respondido a um pedido de informação de um membro do pessoal, o Provedor de Justiça Europeu pode sugerir à administração que responda, mesmo que não tenha sido utilizado o procedimento interno de queixa.

A administração da UE tem amplo poder discricionário na forma como organiza os seus recursos humanos e avalia o desempenho do pessoal. Como tal, normalmente, o Provedor de Justiça Europeu apenas abrirá um inquérito sobre uma queixa do pessoal caso exista indicação de possíveis erros manifestos de avaliação ou de graves falhas processuais ou sistémicas.

O Provedor de Justiça Europeu tem um papel formal na garantia de que a administração da UE cumpre as disposições da Convenção sobre os Direitos das Pessoas com Deficiência (CNUDPD). O Provedor de Justiça Europeu também tem um papel na garantia de que a administração da UE cumpre as suas obrigações relativamente aos procedimentos de combate ao assédio.