W rozporządzeniu (WE) nr 2187/2005 w sprawie zachowania zasobów połowowych w wodach Morza Bałtyckiego, cieśnin Bełt i Sund poprzez zastosowanie środków technicznych wymaga się od Komisji zapewnienia, do dnia 1 stycznia 2008 r., aby przeprowadzona została naukowa ocena skutków używania w szczególności sieci skrzelowych, drygawic i sieci oplątujących dla waleni, a jej wyniki zostały przedstawione Parlamentowi Europejskiemu i Radzie.

Komisja zwróciła się do instytutu naukowego o przeprowadzenie takiej oceny, czego jednak dany instytut nie był w stanie dokonać ze względu na brak odpowiednich sprawozdań dotyczących przypadkowych połowów waleni. Państwa członkowskie powinny przedłożyć Komisji te sprawozdania na podstawie innego rozporządzenia.

W 2009 r. Komisja przyjęła komunikat, w którym zgłosiła Parlamentowi i Radzie, że przeprowadzenie oceny naukowej nie było możliwe. Skarżący, polski rybak, twierdził, że Komisja nie wywiązała się zatem ze swojego zobowiązania ustanowionego rozporządzeniem nr 2187/2005. W związku z tym skarżący zwrócił się do Europejskiego Rzecznika Praw Obywatelskich.

W trakcie dochodzenia Europejskiego Rzecznika Praw Obywatelskich Komisja nie podała powodu, dla którego nie wykorzystała wszystkich środków, którymi dysponowała, aby zapewnić przestrzeganie przez państwa przepisów drugiego rozporządzenia, a co za tym idzie, dostarczenie instytutowi naukowemu danych niezbędnych do przeprowadzenia oceny naukowej wymaganej rozporządzeniem nr 2187/2005. Europejski Rzecznik Praw Obywatelskich uznał, że niedopełnienie tego zobowiązania stanowi przypadek niewłaściwego administrowania. Wystosował on uwagę krytyczną, według której Komisja nie wykazała, że obiektywnie niemożliwe było wywiązanie się przez nią ze zobowiązania polegającego na zapewnieniu, do dnia 1 stycznia 2008 r., przeprowadzenia naukowej oceny skutków używania w szczególności sieci skrzelowych, drygawic i sieci oplątujących dla waleni.

Skarżący, francuski uniwersytet, był członkiem konsorcjum opracowującego projekt sponsorowany przez Komisję. Po wystąpieniu problemów z koordynatorem, skarżący wycofał się z uczestnictwa w projekcie. Komisja zwróciła się następnie o zwrot części płatności, które przekazała na rzecz skarżącego. Skarżący uznał wniosek Komisji za bezpodstawny i zwrócił się do Europejskiego Rzecznika Praw Obywatelskich.

Europejski Rzecznik Praw Obywatelskich wszczął dochodzenie, w trakcie którego Komisja dostarczyła mu szczegółowe zestawienie kwot, które przekazała na rzecz skarżącego. Komisja wyjaśniła, że skarżący nie wywiązał się ze swojego zobowiązania do przedłożenia wymaganych sprawozdań i przedstawienia rezultatów w stosownym terminie, zgodnie z wymogami określonymi w umowie. Komisja odniosła się również do propozycji, jaką przedstawiła koordynatorowi, w ramach której przewidziała możliwość złożenia odpowiednich dokumentów przez skarżącego nawet po upływie terminu określonego w umowie.

Ponieważ skarżący wydawał się nie zdawać sobie sprawy z treści powyższej propozycji, Europejski Rzecznik Praw Obywatelskich zapytał Komisję o rozpatrzenie możliwości przyjęcia przygotowanego przez skarżącego sprawozdania odnoszącego się do jego uczestnictwa w projekcie. Komisja wyraziła swoją zgodę i stwierdziła że, w uzasadnionym przypadku, mogłaby również obniżyć wysokość kwot wnioskowanych od skarżącego. Europejski Rzecznik Praw Obywatelskich stwierdził, że Komisja rozpatrzyła skargę i zamknęła sprawę.

Aby chronić zrównoważony charakter unijnego rybołówstwa, unijny prawodawca może przyjąć środki mające na celu ograniczenie nakładów połowowych w całej Unii. W rozporządzeniu Rady ustalającym liczbę dni połowowych na wodach wspólnotowych na 2007 r. liczbę dni przydzielonych określonej kategorii statków poławiających na zachód od Szkocji zmniejszono o 10 % – z 280 dni w 2006 r. do 252 dni. W rezultacie stowarzyszenie rybaków z Clyde, reprezentujące rybaków na danym obszarze, zwróciło się do Rzecznika Praw Obywatelskich. Skarżący twierdził, że wspomniane zmniejszenie było wynikiem błędu administracyjnego popełnionego przez Komisję Europejską w dokumencie roboczym, który stanowił podstawę dyskusji w Radzie na ten temat. Według skarżącego Komisja błędnie zamieniła odpowiednie kolumny dotyczące wód na zachód od Szkocji i Morza Północnego w tabeli przedstawiającej proponowane redukcje.

W swojej opinii Komisja argumentowała, że wspomniana redukcja została omówiona i zatwierdzona przez państwa członkowskie oraz że nie wystąpił błąd administracyjny.

Po dokładnej analizie dokumentu roboczego Rzecznik Praw Obywatelskich stwierdził, że chociaż wspomniana tabela zawierała propozycję ograniczenia dni połowowych na zachód od Szkocji, wyjaśnienia przedstawione w dokumencie roboczym nie przewidywały takiego ograniczenia. Rzecznik doszedł zatem do wniosku, że rzeczywiście wystąpił błąd administracyjny. W związku z tym przedstawił Komisji projekt zalecenia, wzywając ją do uznania błędu i, w miarę możliwości, do podjęcia środków naprawczych.

Komisja odrzuciła projekt zalecenia. Powtórzyła swój argument, że odpowiedni wniosek został złożony celowo i opierał się na dowodach naukowych, z których wynikało, że dorsz w zachodniej części Szkocji znajduje się w stanie krytycznym. Komisja stwierdziła również, że dokument roboczy nie jest istotny, ponieważ został zastąpiony jej formalnym wnioskiem dotyczącym rozporządzenia Rady. Ponadto nawet gdyby wystąpił błąd, nie byłoby już możliwe podjęcie środków naprawczych.

W swojej decyzji Rzecznik wskazał, że fakt, iż dokument roboczy został zastąpiony formalnym wnioskiem ustawodawczym Komisji, nie oznacza, że nie ma już potrzeby badania ewentualnego niewłaściwego administrowania w odniesieniu do dokumentu roboczego. Rzecznik stwierdził ponadto, że z dostępnych dowodów wynika, iż organy eksperckie zaleciły, aby w 2007 r. nie poławiać dorsza zarówno na zachód od Szkocji, jak i na Morzu Północnym. Dokument roboczy Komisji nie opowiedział się jednak za całkowitym zakazem, ale zaproponował, aby dokonać redukcji w odniesieniu do flot, które mają największy wpływ na zasoby dorsza. W odniesieniu do wód na zachód od Szkocji Komisja uznała, że ma to zastosowanie do flot odpowiadających za ponad 50 ton połowów dorsza. Wydaje się jednak, że kategoria statków, których dotyczy niniejsza sprawa, nie należy do tej grupy. W związku z tym Rzecznik Praw Obywatelskich potwierdził swoją opinię, że wystąpił błąd administracyjny. Biorąc pod uwagę, że argumenty Komisji dotyczące niemożności podjęcia działań naprawczych wydawały się uzasadnione, Rzecznik zamknęła sprawę uwagą krytyczną.