A titkársági csoport személyesen az ombudsmannak tartozik felelősséggel, és munkáját az ő közvetlen utasításai alapján végzi. Tanácsokat ad és segít az ombudsmannak abban, hogy megvalósulhassanak az elképzelései, a stratégiája és a célkitűzései.
Kívánság szerint a titkárság bármely tagja elkísérheti az ombudsmant hivatalos útjain, valamint megbízástól függően segíthet megírni beszédeit, elkészíteni prezentációit vagy jelentéseit.

Egy ügykezelési egységet (lásd lentebb) is magában foglaló Vizsgálati Igazgatóság felelős a Hivatal fő tevékenységeiért, nevezetesen az uniós intézmények, szervek és ügynökségek esetleges hivatali visszásságainak kivizsgálásáért és a helyes igazgatási gyakorlatok előmozdításáért.

A Kommunikációs csoport feladata, hogy tájékoztassa a nyilvánosságot, a legfontosabb célközönséget és más érdekelteket az ombudsman vizsgálatairól és stratégiai munkájáról, valamint az uniós vitákban és politikai fejleményekben való részvételéről.
A csoport felelős az olyan általános stratégiai kommunikációs munkáért, mint például az Ombudsmanok Európai Hálózatának koordinálása.

A Személyzeti, Igazgatási és Költségvetési Osztály felel az emberi erőforrásokkal és a személyzet jólétével kapcsolatos kérdésekért; üzletmenet-folytonosság és -biztonság; költségvetés és pénzügyek; az intézmény épületei, berendezései és logisztikai támogatása; dokumentumkezelés és archiválás; információs és kommunikációs technológiák (IKT); valamint az ügykezelés teljes operatív támogatása.