Le règlement (CE) n° 2187/2005 relatif à la conservation des ressources halieutiques par des mesures techniques en mer Baltique, dans les Belts et dans l'Øresund impose à la Commission de veiller, au plus tard le 1er janvier 2008, à ce qu'une évaluation scientifique des effets de l'utilisation, en particulier, de filets maillants, de trémails et de filets emmêlants sur les cétacés soit réalisée et à ce que ses conclusions soient présentées au Parlement européen et au Conseil.

La Commission a demandé à un institut scientifique de procéder à une telle évaluation, mais ce dernier n'a pas été en mesure de le faire en raison de l'absence de rapports pertinents sur les captures accidentelles de cétacés. Ces rapports auraient dû être soumis à la Commission par les États membres, conformément à un autre règlement.

En 2009, la Commission a adopté une communication dans laquelle elle indiquait au Parlement et au Conseil que la réalisation de l’évaluation scientifique n’était pas possible. Le plaignant, un pêcheur polonais, a fait valoir que, par conséquent, la Commission n'avait pas respecté l'obligation qui lui incombait en vertu du règlement (CE) n° 2187/2005. Le plaignant s'est donc adressé au Médiateur.

Tout au long de l'enquête de la Médiatrice, la Commission n'a pas justifié pourquoi elle n'avait pas utilisé tous les moyens à sa disposition pour garantir la conformité nationale avec l'autre règlement et fournir ainsi à l'institut scientifique les données nécessaires à l'évaluation requise par le règlement (CE) n° 2187/2005. Le Médiateur a considéré que ce manquement constituait un cas de mauvaise administration. Il a émis une remarque critique selon laquelle la Commission n’a pas démontré qu’il lui était objectivement impossible de s’acquitter de l’obligation de veiller à ce que, pour le 1er janvier 2008, une évaluation scientifique des effets sur les cétacés de l’utilisation, en particulier, de filets maillants, de trémails et de filets emmêlants soit effectuée.

Le plaignant, une université française, a participé à un consortium qui a mis au point un projet parrainé par la Commission. Après avoir rencontré des problèmes avec le coordinateur, le plaignant s’est retiré du projet. La Commission a alors demandé le remboursement de certains des versements qu’elle avait effectués en faveur du plaignant. Le plaignant a jugé les demandes de la Commission injustes et s’est tourné vers le médiateur.

Le médiateur a ouvert une enquête durant laquelle la Commission lui a fourni un compte rendu détaillé des sommes versées au plaignant. Elle a expliqué que le plaignant n’avait pas présenté les rapports et éléments livrables requis dans les délais impartis, tel que l’exigeait le contrat. Elle s’est en outre référée à une proposition qu’elle avait faite au coordinateur, selon laquelle le plaignant devait fournir les documents pertinents, même une fois le délai contractuel passé.

Puisqu’il semble que le plaignant n’a pas été informé de la proposition ci-dessus, le médiateur a demandé à la Commission d’envisager d’accepter que le plaignant présente un rapport relatif à sa participation au projet. La Commission a accepté et a déclaré que, si cela s’avérait justifié, elle pourrait également réduire les sommes réclamées au plaignant. Le médiateur a estimé que la Commission avait réglé la plainte et a clos l’affaire.

Afin de protéger la durabilité des pêcheries de l’UE, le législateur de l’UE peut adopter des mesures visant à limiter les efforts de pêche dans l’ensemble de l’Union. Dans le règlement du Conseil fixant le nombre de jours de pêche dans les eaux communautaires pour l'année 2007, le nombre de jours attribués à une catégorie spécifique de navires pêchant dans l'ouest de l'Écosse a été réduit de 10 %, passant de 280 jours en 2006 à 252 jours. En conséquence, l'Association des pêcheurs de Clyde, qui représente les pêcheurs de la région concernée, s'est adressée au Médiateur. Le plaignant a allégué que ladite réduction résultait d'une erreur administrative commise par la Commission européenne dans un "non-papier" qui a servi de base aux discussions sur cette question au sein du Conseil. Selon le plaignant, la Commission a procédé par erreur à un échange de colonnes concernant l'ouest de l'Écosse et la mer du Nord dans un tableau présentant les réductions proposées.

Dans son avis, la Commission a fait valoir que ladite réduction avait été examinée et approuvée par les États membres et qu'aucune erreur administrative n'avait été commise.

Après un examen approfondi du document officieux, le Médiateur a constaté que, bien que ledit tableau comprenne une proposition de réduction des jours de pêche pour l'ouest de l'Écosse, les explications données dans le document officieux n'envisageaient pas une telle réduction. Le Médiateur a donc conclu qu’une erreur administrative s’était effectivement produite. Il a donc adressé un projet de recommandation à la Commission, l'invitant à reconnaître l'erreur et, dans la mesure du possible, à prendre des mesures correctives.

La Commission rejette le projet de recommandation. Elle a réitéré son argument selon lequel la proposition en question avait été faite délibérément et reposait sur des preuves scientifiques montrant que le cabillaud de l'ouest de l'Écosse se trouvait dans un état critique. La Commission a également déclaré que le document officieux n’était pas pertinent, étant donné qu’il avait été remplacé par sa proposition formelle de règlement du Conseil. En outre, même si une erreur s’était produite, il ne serait plus possible de prendre des mesures correctives.

Dans sa décision, le Médiateur a souligné que le fait que le document officieux ait été remplacé par la proposition législative formelle de la Commission n'impliquait pas qu'il n'était plus nécessaire d'examiner d'éventuels cas de mauvaise administration concernant le document officieux. Le Médiateur a en outre constaté que les éléments de preuve disponibles montraient que des organes d'experts avaient recommandé qu'aucun cabillaud ne soit capturé en 2007 tant à l'ouest de l'Écosse qu'en mer du Nord. Toutefois, le document officieux de la Commission n'a pas opté pour une interdiction totale, mais a proposé que des réductions soient opérées en ce qui concerne les flottes qui ont l'impact le plus important sur les stocks de cabillaud. En ce qui concerne l'ouest de l'Écosse, la Commission a estimé que cela s'appliquait aux flottes représentant plus de 50 tonnes de captures de cabillaud. Or, la catégorie de navires concernée par la présente affaire ne semblait pas relever de ce groupe. Le Médiateur a donc confirmé son point de vue selon lequel une erreur administrative semblait s'être produite. Étant donné que les arguments de la Commission concernant l'impossibilité de prendre des mesures correctives semblaient raisonnables, le Médiateur a clôturé l'affaire par une remarque critique.