Eine gute Verwaltung der EU-Mittel ist ein wesentlicher Arbeitsbereich der Europäischen Bürgerbeauftragten. Die EU stellt Mittel in Form von Finanzhilfen für Projekte oder Organisationen zur Verfügung, die gemeinsame Interessen der EU fördern oder zur Umsetzung eines Programms oder einer Strategie der EU beitragen. Ein Teil des Unionshaushalts dient außerdem der Vergabe öffentlicher Aufträge im Zusammenhang mit der Bereitstellung von Dienstleistungen und Materialien, die für die Arbeit der europäischen Organe und die Umsetzung der EU-Politik erforderlich sind.

Die Bürgerbeauftragte soll sicherstellen, dass die Organe, Einrichtungen und sonstige Stellen der EU Finanzierungsprogramme und Ausschreibungen angemessen verwalten. Dies beinhaltet, dass sie sich an den einschlägigen Rechtsrahmen halten und mit Finanzierungspartnern und Auftragnehmern fair und entsprechend dem Grundsatz der guten Verwaltungspraxis umgehen. Die Bürgerbeauftragte behandelt Fälle, die mit der Vergabe von Finanzhilfen und öffentlichen Aufträgen sowie mit bestimmten Aspekten der Vertragsausführung zu tun haben.

Die Aufgabe der Bürgerbeauftragten in Fällen, die die Vergabe öffentlicher Aufträge betreffen, besteht darin, festzustellen, ob es zu einem offensichtlichen Beurteilungsfehler oder einem Verfahrensfehler gekommen ist. Die Bürgerbeauftragte kann prüfen, ob die betreffende EU-Einrichtung entsprechend den rechtlichen Bestimmungen des Vertrags, der EU-Haushaltsordnung und den anderen einschlägigen Rechtsvorschriften sowie dem Grundsatz der guten Verwaltungspraxis gehandelt hat. Aufgabe der Bürgerbeauftragten ist es nicht, einen Projektvorschlag oder ein Angebot erneut zu bewerten oder in Vertragsstreitigkeiten zu vermitteln.