EU:s institutioner måste se till att deras arbete inte kränker människors grundläggande rättigheter. Ombudsmannen ska se till att de har de förfaranden och rutiner som krävs för att värna de grundläggande rättigheterna, och att dessa tillämpas korrekt.

Inom vissa av EU-institutionernas och EU-byråernas arbetsområden finns en större risk för kränkningar av de grundläggande rättigheterna, särskilt i samband med EU:s växande ansvar för gränsförvaltning och asyl. Detta har ombudsmannen särskilt inriktat sig på.

EU:s budget måste också genomföras på ett sätt som värnar de grundläggande rättigheterna och främjar EU:s åtaganden på området, även för personer med funktionsnedsättning (enligt FN:s konvention om rättigheter för personer med funktionsnedsättning). De berörda EU-institutionerna och EU-byråerna ska övervaka och kontrollera detta, och ombudsmannen får säkerställa att så sker.

Ombudsmannen tar regelbundet emot klagomål från personer som anser att deras rättigheter har kränkts. Hon kan också undersöka mer systemiska problem med de grundläggande rättigheterna i EU-förvaltningens arbete.