Instituțiile UE trebuie să se asigure că activitatea lor nu încalcă drepturi fundamentale ale omului. Ombudsmanul are rolul de a se asigura că instituțiile UE au instituit proceduri și practici pentru respectarea drepturilor fundamentale și că acestea sunt aplicate în mod corespunzător.

Unele domenii de activitate ale instituțiilor și agențiilor UE sunt mai expuse la încălcări potențiale ale drepturilor fundamentale, în special în ceea ce privește responsabilitățile tot mai mari ale UE în domeniul gestionării frontierelor și al azilului. Ombudsmanul a pus un accent deosebit pe aceste aspecte.

De asemenea, bugetul UE trebuie pus în aplicare într-un mod care să respecte drepturile fundamentale și să promoveze angajamentele UE în materie de drepturi fundamentale, inclusiv drepturile persoanelor cu dizabilități (în temeiul Convenției Națiunilor Unite privind drepturile persoanelor cu handicap). Instituțiile și agențiile competente ale UE joacă un rol în monitorizarea și verificarea acestor aspecte, iar Ombudsmanul se poate asigura că își îndeplinesc acest rol.

Ombudsmanul primește regulat plângeri de la persoane care consideră că le-au fost încălcate drepturile. De asemenea, poate analiza probleme mai sistemice privind drepturile fundamentale legate de activitatea administrației UE.