A administração da UE tem muitas regras em vigor para evitar conflitos de interesses ou violações de outras regras éticas. O papel do Provedor de Justiça Europeu consiste em ajudar a garantir que estas regras são aplicadas, bem como em ajudar as instituições a evitar a perceção de que possam ocorrer violações no plano ético.

Uma área particular de enfoque para o Provedor de Justiça Europeu é a questão das «portas giratórias», em que os funcionários públicos deixam a administração da UE para assumirem cargos no setor privado (ou vice-versa). Os funcionários públicos que passam para o setor privado podem procurar fazer uso das redes a que tiveram acesso nas suas anteriores funções ou tentar influenciar a legislação ou regulamentação da UE. Tal pode minar a confiança dos cidadãos na administração da UE.

Embora seja normal que os grupos de interesse procurem exercer influência sobre o processo democrático de tomada de decisões da UE, é essencial que tal ocorra de acordo com os mais elevados padrões de transparência, para mitigar as preocupações sobre potenciais conflitos de interesse. A transparência da representação de grupos de interesse (lobbying) e a forma como os grupos de interesse se envolvem com as instituições da UE são temas recorrentes dos inquéritos do Provedor de Justiça Europeu.

O Provedor de Justiça Europeu pode analisar questões éticas quando estas são levantadas por queixosos insatisfeitos com a forma como a instituição em questão lidou com as suas preocupações. Contudo, pode também agir por sua própria iniciativa para analisar questões em que tome conhecimento de potenciais preocupações do público e encontre motivos para o fazer.