De EU-instellingen moeten ervoor zorgen dat bij hun werkzaamheden de grondrechten van mensen niet worden geschonden. De rol van de Ombudsman bestaat erin ervoor te zorgen dat zij over de procedures en praktijken beschikken om de grondrechten te eerbiedigen en dat deze naar behoren worden toegepast.

Op sommige werkterreinen van de EU-instellingen en -agentschappen is het risico op schendingen van de grondrechten groter, met name in verband met de toenemende verantwoordelijkheden van de EU op het gebied van grensbeheer en asiel. Dit was een bijzonder aandachtspunt van de Ombudsman.

De EU-begroting moet ook worden uitgevoerd op een manier die de grondrechten eerbiedigt en de verplichtingen van de EU op het gebied van de grondrechten bevordert, met inbegrip van de rechten van personen met een handicap (in het kader van het VN-Verdrag inzake de rechten van personen met een handicap). De betrokken instellingen en agentschappen van de EU spelen een rol bij het toezicht hierop en de controle hiervan, en de Ombudsman kan hierop toezien.

De Ombudsman ontvangt regelmatig klachten van personen die van mening zijn dat hun rechten zijn geschonden. Ook kan de Ombudsman zich buigen over meer systemische grondrechtenkwesties in verband met de werkzaamheden van de EU-administratie.