Az uniós intézményeknek gondoskodniuk kell arról, hogy munkájuk ne sértse az emberek alapvető jogait. Az ombudsman szerepe annak biztosítása, hogy legyenek eljárások és gyakorlatok az alapvető jog tiszteletben tartása érdekében, és ezeket megfelelően alkalmazzák.

Az uniós intézmények és ügynökségek egyes tevékenységi területei jobban ki vannak téve a potenciális alapjogi jogsértéseknek, különös tekintettel az EU határigazgatással és menekültüggyel kapcsolatos növekvő felelősségére. Erre az ombudsman külön figyelmet fordít.

Az uniós költségvetést is olyan módon kell végrehajtani, hogy annak során tiszteletben tartsák az alapvető jogokat és előmozdítsák az EU alapjogi kötelezettségvállalásait, beleértve a fogyatékossággal élők jogait (a fogyatékossággal élő személyek jogairól szóló ENSZ-egyezmény keretében). Az érintett uniós intézményeknek és ügynökségeknek szerepük van ennek nyomon követésében és ellenőrzésében, az ombudsman pedig eljárhat annak érdekében, hogy ezt megtegyék.

Az ombudsmanhoz rendszeresen érkeznek panaszok olyan magánszemélyektől, akik úgy vélik, jogaik sérültek. Emellett az uniós közigazgatás tevékenységével kapcsolatos rendszerszintűbb alapjogi problémákat is kivizsgálhat.