Az európai ombudsman megvizsgálhatja az uniós közigazgatás személyzetétől érkező panaszokat. Ugyanakkor az ombudsman nem rendelkezik hatáskörrel az igazgatás által meghozott határozatok felülbírálására.

Mielőtt egy alkalmazott az ombudsmanhoz fordulna, teljeskörűen élnie kell az alkalmazandó belső közigazgatási panasztételi eljárással. A legtöbb esetben ez az eljárás az uniós személyzeti szabályzat 90. cikkében meghatározott eljárás.

Ha azonban egy uniós intézmény, szerv, szervezet vagy ügynökség egyszerűen elmulasztotta a válaszadást a személyzet valamely tagjának információkérésére, az ombudsman javasolhatja az igazgatásnak a válaszadást, még akkor is, ha a belső panasztételi eljárást nem vették igénybe.

Az uniós közigazgatásnak széles mérlegelési jogköre van a tekintetben, hogy miként szervezi meg emberi erőforrásait és hogyan értékeli a személyzet teljesítményét. Így az ombudsman alapesetben csak akkor indít vizsgálatot valamely személyzeti panasz vonatkozásában, ha vannak arra utaló jelek, hogy nyilvánvaló értékelési hibák merülhettek fel vagy súlyos eljárási vagy rendszerszintű hiányosságok állnak fenn.

Az ombudsmannak hivatalos szerepe van annak biztosításában, hogy az uniós közigazgatás megfeleljen a fogyatékossággal élő személyek jogairól szóló egyezmény (CRPD) rendelkezéseinek. Az európai ombudsman annak biztosításában is szerepet játszik, hogy az uniós közigazgatás megfeleljen a zaklatásellenes eljárásokkal kapcsolatos kötelezettségeinek.