Dobro upravljanje sredstvima EU-a ključno je područje rada Europskog ombudsmana. EU omogućuje sredstva u obliku bespovratnih sredstava projektima ili organizacijama koji promiče zajedničke interese EU-a ili pomažu u provedbi programa ili politike EU-a. EU ujedno dio svojeg proračuna dodjeljuje javnoj nabavi, a upotrebljava se za usluge i materijale koji su potrebni za rad europskih institucija ili provedbu politika EU-a.

Ombudsman nastoji osigurati da institucije, tijela, uredi i agencije EU-a primjereno upravljaju programima financiranja i pozivima na natječaje. To znači da djeluju u skladu s relevantnim zakonskim okvirom te na pošten način i u skladu s načelima dobrog upravljanja postupaju s partnerima u financiranju. Ombudsman se bavi predmetima koji se odnose na dodjelu bespovratnih sredstava i ugovora, kao i na određene aspekte koji se odnose na provedbu ugovora.

Uloga Ombudsmana u predmetima koji se odnose na dodjelu bespovratnih sredstava jest istražiti je li došlo do očite pogreške u procjeni ili postupovne pogreške. Ombudsman može istražiti je li predmetno tijelo EU-a djelovalo u skladu s pravnim odredbama ugovora, Financijskom uredbom EU-a i drugim važećim pravnim odredbama te načelima dobrog upravljanja. Uloga Ombudsmana nije ponovno procijeniti prijedlog projekta ili natječaj ili posredovati u ugovornim sporovima.