Institucije EU-a moraju osigurati da njihov rad ne narušava temeljna prava ljudi. Uloga je Ombudsmana osigurati postupke i prakse za poštovanje temeljnih prava te njihovu pravilnu primjenu.

Neka područja rada institucija EU-a podložnija su mogućim povredama temeljnih prava, osobito u vezi s rastućim odgovornostima EU-a u područjima upravljanja državnim granicama i azila. Europski ombudsman tome posvećuje najveću pozornost.

Proračun EU-a mora se provesti uz poštovanje temeljnih prava i promicanje obveza EU-a u pogledu temeljnih prava, uključujući prava osoba s invaliditetom (na temelju Konvencije UN-a o pravima osoba s invaliditetom). Relevantne institucije i agencije EU-a imaju ulogu u praćenju i provjeri navedenoga, a Ombudsman nastoji osigurati da to i čine.

Ombudsman redovito prima pritužbe osoba koje smatraju da su njihova prava prekršena. Može istražiti i sustavnija pitanja temeljnih prava koja se odnose na rad uprave EU-a.