EU:n toimielinten on huolehdittava siitä, että niiden työ ei loukkaa ihmisten perusoikeuksia. Oikeusasiamiehen on puolestaan varmistettava, että toimielimillä on käytössä menettelyt ja käytännöt perusoikeuksien noudattamiseksi ja että menettelyjä ja käytäntöjä sovelletaan asianmukaisesti.

Jotkin EU:n toimielinten ja virastojen toiminta-alat ovat muita alttiimpia mahdollisille perusoikeusrikkomuksille. Tämä koskee erityisesti EU:n lisääntyviä vastuita rajaturvallisuuden ylläpitämisessä ja turvapaikka-asioissa. Oikeusasiamies on keskittynyt erityisesti tähän.

EU:n talousarvion toteuttamisessa on noudatettava perusoikeuksia ja edistettävä EU:n perusoikeuksia koskevia sitoumuksia, muun muassa vammaisten henkilöiden oikeuksia (vammaisten henkilöiden oikeuksia koskevan YK:n yleissopimuksen mukaisesti). Asianomaisten EU:n toimielinten ja virastojen tehtävänä on seurata tämän toteutumista ja varmentaa toteutuminen, ja oikeusasiamies voi varmistaa, että näin tapahtuu.

Oikeusasiamies saa tasaisin väliajoin kanteluita ihmisiltä, joiden mielestä heidän oikeuksiaan on rikottu. Hän voi myös tarkastella EU:n hallinnon työhön liittyviä rakenteellisempia perusoikeusongelmia.