Üks Euroopa Ombudsmani põhilisi tegevusvaldkondi on ELi vahendite hea haldamine. EL rahastab toetuste abil projekte või organisatsioone, mis edendavad ELi ühishuve või aitavad rakendada ELi programmi või poliitikat. Samuti eraldab EL osa oma eelarvest avalikele hangetele, millega saadakse Euroopa institutsioonide tegevuseks või ELi poliitika rakendamiseks vajalikke teenuseid ja materjale.

Ombudsmani eesmärk on tagada, et ELi institutsioonid, organid ja asutused haldaksid rahastamisprogramme ja pakkumiskutseid nõuetekohaselt. See tähendab, et nad tegutsevad asjakohase õigusraamistiku kohaselt ning käsitlevad rahastamispartnereid ja töövõtjaid õiglaselt ning kooskõlas hea haldustavaga. Ombudsman käsitleb toetuste andmiste ja lepingute sõlmimisega seotud juhtumeid ning ka lepingute täitmise teatud aspekte.

Ombudsmani roll lepingute sõlmimisega seotud juhtumite korral on uurida, kas on esinenud ilmne hindamisviga või menetlusnormide rikkumine. Ombudsman võib uurida, kas asjaomane ELi asutus toimis kooskõlas lepingu õigussätetega, ELi finantsmäärusega ja muude kohaldatavate õigussätetega ning ka hea halduse põhimõtetega. Ombudsmani roll ei ole taashinnata projektiettepanekut või pakkumust ega lepitada lepinguvaidlusi.