ELi institutsioonid peavad tagama, et nende tegevus ei riku inimeste põhiõigusi. Ombudsmani roll on tagada, et need on põhiõiguste järgimiseks kehtestanud menetlused ja tavad, mida kohaldatakse nõuetekohaselt.

ELi institutsioonide ja asutuste mõnes tegevusvaldkonnas võib võimalikke põhiõiguste rikkumisi esineda rohkem, eelkõige seoses ELi üha kasvavate kohustustega piirihalduse ja varjupaiga küsimustes. See on olnud ombudsmani erilise tähelepanu all.

Ka ELi eelarvet tuleb rakendada põhiõigusi järgides ja edendades ELi põhiõiguskohustusi, sealhulgas puuetega inimeste õigusi (vastavalt ÜRO puuetega inimeste õiguste konventsioonile). Asjaomastel ELi institutsioonidel ja asutustel on selle järelevalves ja kontrollimises oma roll ning ombudsman võib aidata tagada, et see toimub.

Ombudsman saab korrapäraselt kaebusi eraisikutelt, kes arvavad, et nende õigusi on rikutud. Samuti saab ta uurida süsteemsemaid ELi haldusasutuste tegevusega seotud põhiõigusküsimusi.