Euroopa Ombudsman saab uurida kaebusi, mis laekuvad ELi haldusasutuste töötajatelt. Ombudsmanil ei ole siiski volitusi muuta haldusasutuse otsust.

Enne ombudsmani poole pöördumist peab asjaomane töötaja olema täielikult ära kasutanud kohaldatava asutusesisese kaebusmenetluse. Enamasti on see Euroopa Liidu ametnike personalieeskirjade artiklis 90 sätestatud menetlus.

Samas kui ELi institutsioon, organ või asutus on üksnes jätnud vastamata töötaja teabenõudele, saab ombudsman soovitada haldusasutusele, et see vastaks, isegi kui asutusesisest kaebusmenetlust ei ole kasutatud.

ELi haldusasutusel on laialdane kaalutlusõigus, kuidas korraldada oma inimressursse ja hinnata töötajaid. Sel juhul esitab ombudsman päringu töötaja kaebuse kohta tavaliselt ainult siis, kui hindamises on võimalik ilmne viga või on viiteid rasketele menetluslikele või süsteemsetele puudustele.

Ombudsmanil on formaalne roll tagamisel, et ELi haldusasutused järgivad puuetega inimeste õiguste konventsiooni sätteid. Ombudsmani kohus on ka tagada, et ELi halduses järgitakse ahistamisvastaseid menetlusi.