Die Unionsorgane müssen sicherstellen, dass durch ihre Arbeit keine Grundrechte von Menschen verletzt werden. Die Bürgerbeauftragte muss sicherstellen, dass die Unionsorgane über Verfahren und Praktiken zur Wahrung der Grundrechte verfügen und diese ordnungsgemäß anwenden.

In einigen Arbeitsgebieten der Organe und Agenturen der Union ist die Gefahr möglicher Grundrechtsverstöße größer als in anderen, dies ist insbesondere im Zusammenhang mit den wachsenden Zuständigkeiten der EU in den Bereichen Grenzmanagement und Asyl der Fall. Dies ist ein Schwerpunktbereich der Bürgerbeauftragten.

Auch der EU-Haushalt muss so ausgeführt werden, dass die Grundrechte gewahrt und die Verpflichtungen der EU hinsichtlich der Menschenrechte, einschließlich der Rechte von Menschen mit Behinderungen (im Rahmen des Übereinkommens über die Rechte von Menschen mit Behinderungen), unterstützt werden. Es ist Aufgabe der einschlägigen Organe und Agenturen der Union, dies zu überwachen und zu überprüfen, und die Bürgerbeauftragte kann dafür sorgen, dass sie dies auch tun.

Die Bürgerbeauftragte erhält regelmäßig Beschwerden von Personen, die der Meinung sind, dass ihre Rechte verletzen wurden. Sie kann auch eher systembezogenen Menschenrechtsproblemen im Zusammenhang mit der Arbeit der EU-Verwaltung nachgehen.