Die EU-Verwaltung hat zahlreiche Vorschriften erlassen, die Interessenkonflikte oder andere Verstöße gegen ethische Normen verhüten sollen. Aufgabe der Bürgerbeauftragten ist es, zur Einhaltung dieser Vorschriften beizutragen und die Einrichtungen dabei zu unterstützen, jedweden Eindruck zu vermeiden, dass eventuell gegen ethische Normen verstoßen wird.

Die besondere Aufmerksamkeit der Bürgerbeauftragten gilt u. a. der Frage des „Drehtüreffekts“, mit dem gemeint ist, dass öffentlich Bedienstete aus der EU-Verwaltung ausscheiden, um eine Stelle in der Privatwirtschaft anzunehmen (oder umgekehrt). Öffentlich Bedienstete, die in die Privatwirtschaft wechseln, könnten ihre Netzwerke, zu den sie in ihren früheren Positionen Zugang hatte, dazu nutzen, Einfluss auf die Gesetzgebung und Regulierung durch die EU zu nehmen. Dies kann das Vertrauen der Öffentlichkeit in die EU-Verwaltung untergraben.

Wenngleich es ganz normal ist, dass Interessengruppen Einfluss auf den demokratischen Entscheidungsprozess der EU nehmen möchten, ist es unerlässlich, dass dies nach den höchsten Transparenzstandards erfolgt, um Bedenken in Bezug auf mögliche Interessenkonflikte zu mindern. Transparenz in Bezug auf Lobbying und die Frage, wie Interessengruppen mit den Unionsorganen interagieren, sind wiederkehrende Themen in den Untersuchungen der Bürgerbeauftragten.

Die Bürgerbeauftragte kann sich mit ethischen Fragen beschäftigten, wenn diese von Beschwerdeführern, die mit der Art und Weise, in der das betreffende Organ mit ihren Anliegen umgegangen ist, unzufrieden sind, aufgeworfen werden. Sie kann sich jedoch auch auf eigene Initiative mit Problemen beschäftigen, wenn sie mögliche Bedenken der Öffentlichkeit erkennt und ein Handeln für nötig hält.