I henhold til forordning (EF) nr. 2187/2005 om bevarelse af fiskeressourcerne i Østersøen, Bælterne og Øresund gennem tekniske foranstaltninger skal Kommissionen senest den 1. januar 2008 sikre, at der foretages en videnskabelig vurdering af virkningerne af anvendelsen af navnlig hildingsgarn, toggegarn og indfiltringsnet på hvaler, og at resultaterne heraf forelægges for Europa-Parlamentet og Rådet.

Kommissionen anmodede et videnskabeligt institut om at foretage en sådan vurdering, men sidstnævnte var ikke i stand til at gøre det på grund af manglen på relevante rapporter om utilsigtede fangster af hvaler. Disse rapporter skulle have været forelagt Kommissionen af medlemsstaterne i henhold til en anden forordning.

I 2009 vedtog Kommissionen en meddelelse, hvori den meddelte Parlamentet og Rådet, at det ikke var muligt at foretage den videnskabelige vurdering. Klageren, en polsk fisker, hævdede, at Kommissionen som følge heraf ikke opfyldte sin forpligtelse i henhold til forordning 2187/2005. Klageren henvendte sig derfor til Ombudsmanden.

Under hele Ombudsmandens undersøgelse begrundede Kommissionen ikke, hvorfor den ikke havde anvendt alle de midler, den havde til rådighed, til at sikre national overholdelse af den anden forordning og dermed give det videnskabelige institut de nødvendige data til den vurdering, der kræves i henhold til forordning 2187/2005. Ombudsmanden fandt, at denne undladelse udgjorde et tilfælde af fejl eller forsømmelser. Han fremsatte en kritisk bemærkning om, at Kommissionen ikke havde godtgjort, at det var objektivt umuligt for den selv at opfylde forpligtelsen til at sikre, at der senest den 1. januar 2008 blev foretaget en videnskabelig vurdering af virkningerne for hvaler af anvendelsen af bl.a. hildingsgarn, toggegarn og indfiltringsnet.

Klageren, et fransk universitet, deltog i et konsortium, som udviklede et projekt sponsoreret af Kommissionen. Efter at have oplevet problemer med koordinatoren trak klageren sig ud af projektet. Kommissionen krævede derpå tilbagebetaling af nogle af de betalinger, den havde foretaget til klageren. Klageren fandt Kommissionens krav urimelige og henvendte sig til Ombudsmanden.

Ombudsmanden indledte en undersøgelse, og i denne forbindelse gjorde Kommissionen udførligt rede for de beløb, den havde udbetalt til klageren. Den forklarede, at klageren ikke havde indsendt de nødvendige rapporter og projektleverancer rettidigt, som krævet i kontrakten. Den henviste endvidere til et forslag, som den havde forelagt koordinatoren, og hvorefter klageren kunne indsende de pågældende dokumenter endog efter den kontraktmæssige frist.

Da klageren ikke syntes at have været bekendt med det nævnte forslag, anmodede Ombudsmanden Kommissionen om at overveje at acceptere, at klageren indsendte en rapport vedrørende dets deltagelse i projektet. Kommissionen indvilligede heri og anførte, at den også kunne nedsætte de beløb, den havde krævet af klageren, hvis det var begrundet. Ombudsmanden fandt, at Kommissionen havde løst sagen, og afsluttede den.

For at beskytte EU-fiskeriets bæredygtighed kan EU-lovgiveren vedtage foranstaltninger til begrænsning af fiskeriindsatsen i hele Unionen. I Rådets forordning om fastsættelse af antallet af fiskedage i EF-farvande for 2007 blev antallet af dage tildelt en specifik fartøjskategori, der fisker vest for Skotland, reduceret med 10 % - fra 280 dage i 2006 til 252 dage. Som følge heraf henvendte Clyde Fishermen's Association, der repræsenterer fiskere i det pågældende område, sig til Ombudsmanden. Klageren hævdede, at den nævnte nedsættelse var resultatet af en administrativ fejl begået af Europa-Kommissionen i et "ikke-papir", som dannede grundlag for drøftelser om dette spørgsmål i Rådet. Ifølge klageren udvekslede Kommissionen fejlagtigt de relevante kolonner vedrørende vest for Skotland og Nordsøen i en tabel over de foreslåede nedsættelser.

Kommissionen anførte i sin udtalelse, at den nævnte nedsættelse var blevet drøftet og godkendt af medlemsstaterne, og at der ikke var sket nogen administrativ fejl.

Efter en nøje undersøgelse af Non-Paper fandt Ombudsmanden, at selv om den nævnte tabel indeholdt et forslag om at reducere fiskedagene vest for Skotland, indeholdt forklaringerne i Non-Paper ikke en sådan reduktion. Ombudsmanden konkluderede derfor, at der rent faktisk var begået en administrativ fejl. Han fremsatte derfor et udkast til henstilling til Kommissionen og opfordrede den til at anerkende fejlen og, så vidt det stadig var muligt, træffe korrigerende foranstaltninger.

Kommissionen afviste udkastet til henstilling. Det gentog sit argument om, at det relevante forslag var blevet fremsat bevidst og var baseret på videnskabelig dokumentation, der viste, at torsk i den vestlige del af Skotland var i en kritisk tilstand. Kommissionen anførte også, at ikke-papiret ikke var relevant, da det var blevet erstattet af dens formelle forslag til Rådets forordning. Selv om der var begået en fejl, ville det desuden ikke længere være muligt at træffe korrigerende foranstaltninger.

Ombudsmanden påpegede i sin afgørelse, at det forhold, at non-paperet blev afløst af Kommissionens formelle lovgivningsforslag, ikke betød, at der ikke længere var behov for at undersøge eventuelle fejl eller forsømmelser vedrørende non-paperet. Ombudsmanden fandt endvidere, at den foreliggende dokumentation viste, at ekspertorganer havde anbefalet, at der ikke blev fanget torsk i 2007 både vest for Skotland og i Nordsøen. Kommissionens non-paper valgte imidlertid ikke et totalt forbud, men foreslog, at der skulle foretages reduktioner for de flåder, der tegnede sig for den største indvirkning på torskebestandene. For så vidt angår farvandet vest for Skotland fandt Kommissionen, at dette gjaldt for flåder, der tegnede sig for over 50 tons torskefangster. Den kategori af fartøjer, der er omhandlet i den foreliggende sag, synes imidlertid ikke at henhøre under denne gruppe. Ombudsmanden bekræftede derfor sit synspunkt om, at der forekom en administrativ fejl. Da Kommissionens argumenter om, at det var umuligt at træffe afhjælpende foranstaltninger, forekom rimelige, afsluttede Ombudsmanden sagen med en kritisk bemærkning.