Доброто управление на средствата на ЕС е основна област, в която Европейският омбудсман осъществява дейността си. ЕС предоставя финансиране под формата на безвъзмездни средства за проекти или организации, които имат общи интереси с ЕС или подпомагат изпълнението на програма или политика на ЕС. Освен това ЕС разпределя част от своя бюджет за възлагане на обществени поръчки, които се използват за услуги и материали, необходими за дейността на европейските институции или за изпълнението на политиките на ЕС.

Омбудсманът има за цел да гарантира, че институциите, органите, службите и агенциите на ЕС управляват по подходящ начин програмите за финансиране и поканите за участие в търг. Това означава, че те действат при спазване на съответната правна рамка и работят с финансиращите партньори и изпълнителите добросъвестно и в съответствие с принципите на добрата администрация. Омбудсманът разглежда случаи, които се отнасят до отпускането на безвъзмездни средства и сключването на договори, както и някои аспекти, свързани с изпълнението на договорите.

Ролята на Омбудсмана в случаи, свързани с възлагането на договори за обществени поръчки, е да проверява дали е налице явна грешка в преценката или процедурна грешка. Омбудсманът може да провери дали въпросният орган на ЕС е действал в съответствие с юридическите разпоредби на договора, Финансовия регламент на ЕС и други приложими правни разпоредби, както и с принципите на добрата администрация. Ролята на Омбудсмана не е да прави повторна оценка на проектното предложение или търга, нито да посредничи при договорни спорове.