Институциите на ЕС трябва да гарантират, че дейността им не нарушава основните права на хората. Ролята на Омбудсмана е да гарантира, че тези институции разполагат с процедури и практики за спазването на основните права и че те се прилагат правилно.

Някои области на дейност на институциите и агенциите на ЕС са изложени в по-голяма степен на риск от потенциални нарушения на основните права, по-специално във връзка с нарастващите отговорности на ЕС в областта на управлението на границите и убежището. Това е предмет на специално внимание за Омбудсмана.

Изпълнението на бюджета на ЕС също трябва да става по начин, който зачита основните права и съдейства за изпълнението на ангажиментите на ЕС в областта на основните права, включително правата на хората с увреждания (съгласно Конвенцията на ООН за правата на хората с увреждания). Съответните институции и агенции на ЕС имат функцията да наблюдават и контролират това, а Омбудсманът се стреми да гарантира, че те изпълняват тези свои функции.

Омбудсманът редовно получава жалби от лица, които считат, че правата им са били нарушени. Понякога тя разглежда също така по-системни въпроси във връзка с основните права, отнасящи се до работата на администрацията на ЕС.