Европейският омбудсман може да разглежда жалби от служители на администрацията на ЕС. Омбудсманът обаче няма правомощия да отменя решение, взето от администрацията.

Преди да се обърне към Омбудсмана, въпросният служител трябва да е използвал в пълна степен приложимата вътрешна процедура за подаване на административна жалба. В повечето случаи тази процедура е процедурата, определена в член 90 от Правилника за длъжностните лица на ЕС.

Ако обаче институция, орган, организация или агенция на ЕС не е отговорила на искане за информация от служител, Омбудсманът може да предложи на администрацията да отговори, дори ако вътрешната процедура за подаване на жалби не е била използвана.

Администрацията на ЕС разполага с широка свобода на преценката по отношение на начина, по който организира човешките си ресурси и оценява работата на персонала. Омбудсманът обикновено започва проверка по жалба на служител само ако са налице признаци за евентуални явни грешки в преценката или за сериозни процедурни или системни недостатъци.

Омбудсманът има официално ролята да гарантира, че администрацията на ЕС спазва разпоредбите на Конвенцията за правата на хората с увреждания (КПХУ). Една от функциите на Омбудсмана е също така да гарантира, че администрацията на ЕС спазва задълженията си по отношение на борбата с тормоза.