God förvaltning av EU-medel är ett centralt arbetsområde för Europeiska ombudsmannen. EU tillhandahåller finansiering i form av bidrag till projekt eller organisationer som främjar gemensamma EU-intressen eller bidrar till genomförandet av EU-program eller EU-politik. EU anslår också en del av sin budget till offentlig upphandling, som används för tjänster och material som är nödvändiga för EU-institutionernas arbete eller genomförandet av EU:s politik.

Ombudsmannen strävar efter att se till att EU:s institutioner, organ och byråer förvaltar finansieringsprogram och anbudsinfordringar på lämpligt sätt. Detta innebär att de agerar i enlighet med den tillämpliga rättsliga ramen och behandlar finansieringspartner och uppdragstagare rättvist och i enlighet med god förvaltningssed. Ombudsmannen behandlar ärenden som rör tilldelning av bidrag och kontrakt samt vissa aspekter som rör genomförandet av kontrakt.

Ombudsmannens roll i ärenden som rör tilldelning av kontrakt är att undersöka om det har gjorts ett uppenbart fel i bedömningen eller ett förfarandefel. Ombudsmannen får undersöka om EU-organet i fråga agerade i enlighet med de rättsliga bestämmelserna i kontraktet, EU:s budgetförordning och andra tillämpliga rättsliga bestämmelser samt god förvaltningssed. Ombudsmannens roll är inte att ompröva ett projektförslag eller anbud eller att medla i avtalstvister.