Evropska varuhinja človekovih pravic lahko preuči pritožbe uslužbencev uprave EU. Vendar varuhinja nima pooblastil, da bi razveljavila odločitev uprave.

Preden se zadevni uslužbenec obrne na varuhinjo človekovih pravic, mora v celoti uporabiti veljavni interni upravni pritožbeni postopek. V večini primerov se uporablja postopek iz člena 90 Kadrovskih predpisov za uradnike EU.

Če pa institucija, organ, organizacija ali agencija EU enostavno ni odgovorila na zahtevo za pojasnila uslužbenca, lahko varuhinja človekovih pravic upravi predlaga, naj se odzove na zahtevo, tudi če interni pritožbeni postopek ni bil uporabljen.

Uprava EU ima široko diskrecijsko pravico v zvezi s tem, kako organizira človeške vire in ocenjuje uspešnost osebja. Tako bo varuhinja preiskavo pritožbe uslužbenca običajno začela le v primeru suma na morebitne očitne napake pri presoji ali resne postopkovne ali sistemske pomanjkljivosti.

Varuhinja človekovih pravic ima formalno vlogo pri zagotavljanju, da uprava EU upošteva določbe Konvencije o pravicah invalidov. Varuh človekovih pravic ima pomembno vlogo tudi pri zagotavljanju, da uprava EU izpolnjuje svoje obveznosti v zvezi s postopki proti nadlegovanju.