Inštitúcie EÚ musia zaistiť, aby pri svojej práci neporušovali základné práva ľudí. Úlohou ombudsmana je zabezpečiť, aby mali zavedené procesy a postupy na dodržiavanie základných práv a aby ich aj náležite uplatňovali.

V niektorých oblastiach činnosti inštitúcií a agentúr EÚ existuje väčšie riziko potenciálneho porušovania základných práv, najmä pokiaľ ide o čoraz väčšiu zodpovednosť EÚ v otázkach riadenia hraníc a udeľovania azylu. Na tento aspekt sa ombudsman zameriava v osobitnej miere.

Ďalšou témou je rozpočet EÚ, ktorý sa takisto musí čerpať spôsobom, pri ktorom sa dodržiavajú základné práva a podporujú záväzky EÚ v oblasti základných práv vrátane práv osôb so zdravotným postihnutím (podľa Dohovoru o právach osôb so zdravotným postihnutím). Úlohou monitorovania a overovania týchto otázok sú poverené príslušné inštitúcie EÚ, pričom ombudsman môže vynakladať úsilie o zabezpečenie toho, aby si svoje povinnosti správne plnili.

Ombudsman často dostáva sťažnosti od ľudí, ktorí sú presvedčení, že došlo k porušeniu ich práv. Môže sa tiež zamerať na aspekty základných práv spojené s prácou administratívy EÚ, ktoré majú systémovejší charakter.