Európsky ombudsman môže preskúmať sťažnosti zamestnancov administratívy EÚ. Nemá však právomoc zrušiť rozhodnutie prijaté príslušnou inštitúciou.

Pred tým, ako sa dotknutý zamestnanec obráti na ombudsmana, musí v plnej miere využiť uplatniteľný postup na riešenie interných administratívnych sťažností. Vo väčšine prípadov ide o postup stanovený v článku 90 služobného poriadku EÚ.

Ak však nastal prípad, keď inštitúcia, orgán, organizácia alebo agentúra EÚ jednoducho neodpovedali na žiadosť zamestnanca o informácie, ombudsman môže príslušnej inštitúcii navrhnúť, aby odpovedala, aj keď sa interný postup na riešenie sťažností neuplatnil.

Administratíva EÚ má široký priestor na voľnú úvahu z hľadiska toho, ako pristupuje k organizácii svojich ľudských zdrojov a hodnotí výkonnosť zamestnancov. Samotný ombudsman zvyčajne začne vyšetrovanie sťažnosti zamestnanca, len ak existuje náznak možného zjavne nesprávneho posúdenia alebo závažných procesných či systémových nedostatkov.

Ombudsman zohráva formálnu úlohu pri zabezpečovaní toho, aby administratíva EÚ dodržiavala ustanovenia Dohovoru o právach osôb so zdravotným postihnutím (UNCRPD). Ombudsman zohráva úlohu aj pri zabezpečovaní toho, aby administratíva EÚ dodržiavala svoje povinnosti týkajúce sa postupov na boj proti obťažovaniu.