Działalność instytucji UE nie może naruszać praw podstawowych obywateli. Rola Rzecznika Praw Obywatelskich polega na zapewnieniu, aby w instytucjach istniały oraz były właściwie stosowane procedury i praktyki służące ochronie praw podstawowych.

Niektóre obszary działalności unijnych instytucji i agencji są bardziej narażone na potencjalne naruszenia tych praw, zwłaszcza w związku z coraz szerszym zakresem odpowiedzialności UE w dziedzinie zarządzania granicami i azylu. Jest to dla Rzecznik szczególnie ważny obszar działalności.

Budżet UE także musi być wykonywany z poszanowaniem praw podstawowych i w sposób promujący zobowiązania UE w tym zakresie, w tym prawa osób z niepełnosprawnościami (na podstawie Konwencji ONZ o prawach osób niepełnosprawnych). Monitorowaniem i weryfikowaniem budżetu zajmują się odpowiednie instytucje i agencje UE, natomiast Rzecznik strzeże realizacji tych zadań.

Rzecznik regularnie otrzymuje skargi od osób, które uważają, że naruszono ich prawa. Może także przyglądać się bardziej systemowym kwestiom praw podstawowych w odniesieniu do działalności unijnej administracji.