De Europese Ombudsman kan klachten van personeelsleden van het EU-bestuur onderzoeken. De Ombudsman is echter niet bevoegd om een besluit van het bestuur ongedaan te maken.

Alvorens zich tot de Ombudsman te wenden, moet het betrokken personeelslid ten volle gebruik hebben gemaakt van de toepasselijke interne administratieve klachtenprocedure. In de meeste gevallen is de procedure die van artikel 90 van het Statuut van de ambtenaren van de EU.

Als een instelling, orgaan, organisatie of agentschap van de EU echter eenvoudigweg niet heeft geantwoord op een verzoek om informatie van een personeelslid, kan de Ombudsman het EU-bestuur voorstellen om te antwoorden, zelfs als er geen gebruik is gemaakt van de interne klachtenprocedure.

Het EU-bestuur beschikt over een ruime discretionaire bevoegdheid bij de organisatie van zijn personele middelen en de evaluatie van de prestaties van het personeel. Als zodanig zal de Ombudsman normaliter alleen een onderzoek instellen naar een klacht van het personeel indien er aanwijzingen zijn van mogelijke kennelijke beoordelingsfouten of van ernstige procedurele of systemische tekortkomingen.

De Ombudsman heeft de formele taak om ervoor te zorgen dat het EU-bestuur de bepalingen van het Verdrag inzake de rechten van personen met een handicap (CRPD) naleeft. De Ombudsman ziet er ook op toe dat de EU-administratie zijn verplichtingen op het gebied van anti-intimidatieprocedures nakomt.