Laba ES līdzekļu pārvaldība ir Eiropas Ombuda darba pamatjoma. ES dotāciju veidā piešķir finansējumu projektiem vai organizācijām, kas atbalsta ES kopīgās intereses vai palīdz īstenot kādu ES programmu vai politiku. Daļu sava budžeta ES piešķir arī publiskajam iepirkumam, ko izmanto Eiropas iestāžu darbībai vai ES politikas īstenošanai nepieciešamajiem pakalpojumiem un materiāliem.

Ombuda mērķis ir nodrošināt, ka ES iestādes, struktūras, biroji un aģentūras pienācīgi pārvalda finansēšanas programmas un aicinājumus uz konkursizsolēm. Tas nozīmē, ka tās rīkojas saskaņā ar attiecīgo tiesisko regulējumu, kā arī godīgi un atbilstoši labas pārvaldības principiem sadarbojas ar finansējuma partneriem un līgumslēdzējiem. Ombuds izskata lietas, kas attiecas uz dotāciju un līgumu piešķiršanu, kā arī ar noteiktiem līgumu izpildes aspektiem.

Ombuda pienākums līgumu piešķiršanas lietās ir pārbaudīt, vai nav pieļauta acīmredzama vērtējuma kļūda vai procesuāla kļūda. Ombuds var pārbaudīt, vai attiecīgā ES struktūra ir rīkojusies atbilstoši līguma tiesību normām, ES Finanšu regulai un citām piemērojamām tiesību normām, kā arī labas pārvaldības principiem. Ombudam nav atkārtoti jāizvērtē projekta priekšlikums vai konkursizsole, kā arī nav jābūt starpniekam līguma domstarpību gadījumos.