ES iestādēm ir jānodrošina, ka to darbs nepārkāpj cilvēku pamattiesības. Ombuda uzdevums ir nodrošināt, lai tam būtu procedūras un prakse, kas aizstāv pamattiesības, un tās tiktu pareizi pielietotas.

Dažas ES iestāžu un aģentūru darba jomas ir vairāk pakļautas iespējamiem pamattiesību pārkāpumiem, jo īpaši saistībā ar ES augošo atbildību robežu pārvaldības un patvēruma jomā. Ombuds tam ir pievērsis īpašu uzmanību.

Turklāt ES budžets ir jārealizē, ievērojot pamattiesības un veicinot ES pamattiesību saistības, tostarp attiecībā uz tiesībām invaliditātes gadījumos (saskaņā ar ANO Konvenciju par personu ar invaliditāti tiesībām). Attiecīgajām ES iestādēm un aģentūrām ir pienākums to uzraudzīt un pārbaudīt, un Ombuds var censties nodrošināt šo pienākumu izpildi.

Ombuds regulāri saņem sūdzības no personām, kuras uzskata, ka viņu tiesības ir pārkāptas. Ombuds var aplūkot arī sistēmiskākus pamattiesību jautājumus saistībā ar ES pārvaldes darbu.