ES institucijos turi užtikrinti, kad jų darbas nepažeistų žmonių pagrindinių teisių. Ombudsmenės vaidmuo – rūpintis, kad institucijos turėtų procedūras ir praktiką, užtikrinančias, kad būtų laikomasi pagrindinių teisių, ir kad jos būtų tinkamai taikomos.

Kai kuriose ES institucijų ir agentūrų darbo srityse, visų pirma sienų valdymo ir prieglobsčio srityse, kur ES tenka vis didesnė atsakomybė, pagrindinių teisių pažeidimų pasitaiko dažniau. Tam ombudsmenė skyrė ypač daug dėmesio.

ES biudžetas taip pat turi būti vykdomas nepažeidžiant pagrindinių teisių ir palaikant ES įsipareigojimą laikytis pagrindinių teisių, įskaitant neįgaliųjų teises (pagal JT neįgaliųjų teisių konvenciją). Atitinkamos ES institucijos ir agentūros atlieka stebėjimo ir tikrinimo vaidmenį, o ombudsmenė gali siekti užtikrinti, kad jos tai darytų.

Ombudsmenė reguliariai gauna skundus iš asmenų, manančių, kad jų teisės buvo pažeistos. Ji taip pat gali nagrinėti sistemingesnius pagrindinių teisių klausimus, susijusius su ES administracijos darbu.