Europos ombudsmenė gali nagrinėti ES administracijos darbuotojų skundus. Tačiau ombudsmenė neturi galios panaikinti administracijos priimto sprendimo.

Prieš kreipdamasis į ombudsmenę, atitinkamas darbuotojas turi būti visapusiškai pasinaudojęs taikoma vidaus administracinių skundų nagrinėjimo procedūra. Daugeliui atvejų taikoma ES tarnybos nuostatų 90 straipsnyje nustatyta procedūra.

Tačiau jei ES institucija, įstaiga, organizacija ar agentūra paprasčiausiai neatsako į darbuotojo informacijos prašymą, ombudsmenė gali pasiūlyti administracijai atsakyti, net jei skundas pagal vidaus skundų procedūrą nebuvo pateiktas.

ES administracija turi didelę diskreciją spręsti, kaip organizuoti savo žmogiškuosius išteklius ir vertinti darbuotojų darbo rezultatus. Todėl ombudsmenė paprastai pradeda tyrimą dėl darbuotojų skundo tik tuo atveju, kai yra požymių apie galimas akivaizdžias vertinimo klaidas arba rimtus procedūrinius ar sisteminius trūkumus.

Ombudsmenė atlieka oficialų vaidmenį užtikrinant, kad ES administracija laikytųsi Neįgaliųjų teisių konvencijos (NTK) nuostatų. Ombudsmenas taip pat padeda užtikrinti, kad ES administracija laikytųsi kovos su priekabiavimu procedūrų reikalavimų.