Az uniós közigazgatásban számos szabály van érvényben az összeférhetetlenség vagy más etikai vétségek megakadályozására. Az ombudsmannak az a feladata, hogy segítsen biztosítani e szabályok végrehajtását, valamint segítse az intézményeket annak elkerülésében, hogy akár csak a gondolata is felmerüljön az etikai normasértések előfordulásának.

Az ombudsman különös figyelmet fordít a „forgóajtó-jelenség” kérdésére, amelynek lényege, hogy köztisztviselők az uniós közigazgatástól való távozásuk után a magánszektorban foglalnak el pozíciókat (vagy fordítva). A magánszektorba távozó köztisztviselők igyekezhetnek kihasználni azokat a hálózatokat, amelyekhez korábbi szerepköreikben hozzáfértek, vagy megkísérelhetik befolyásolni az uniós jogalkotást vagy az uniós rendelkezéseket. Ez alááshatja az uniós közigazgatásba vetett közbizalmat.

Miközben megszokott, hogy érdekcsoportok megpróbálnak befolyást gyakorolni az EU döntéshozatali folyamatára, alapvető fontosságú, hogy erre a legmagasabb szintű átláthatósági normáknak megfelelően kerüljön sor, enyhítendő az esetleges összeférhetetlenségekkel kapcsolatos aggályokat. A lobbitevékenység átláthatósága és az, hogy miként tartanak kapcsolatot az érdekcsoportok az uniós intézményekkel, visszatérő témák az ombudsmanhoz intézett megkeresésekben.

Az ombudsman megvizsgálhatja az etikai kérdéseket, amennyiben a hozzá forduló panaszosok elégedetlenek azzal, ahogyan az adott intézmény az aggályaikat kezelte. Ugyanakkor saját kezdeményezésére is eljárhat a problémák kivizsgálása céljából, amennyiben tudomására jut, hogy a nyilvánosság körében aggályok merülhetnek fel, és indokoltnak látja a fellépést.