La buena gestión de los fondos de la UE es un ámbito fundamental del trabajo del Defensor del Pueblo Europeo. La UE facilita financiación en forma de subvenciones para proyectos u organizaciones que promuevan los intereses comunes de la UE o ayuden a aplicar un programa o política de la UE. La UE también asigna parte de su presupuesto a la contratación pública, utilizada para los servicios y material necesarios para el trabajo de las instituciones europeas o la aplicación de las políticas de la UE.

La Defensora del Pueblo vela por que todas las instituciones, órganos y organismos de la UE gestionen los programas de financiación o convocatorias de licitación de forma adecuada, es decir, que actúen en consonancia con el marco jurídico pertinente e interactúen con los socios de financiación y contratistas de forma equitativa y en cumplimiento de los principios de buena administración. La Defensora del Pueblo se ocupa de casos relacionados con la concesión de subvenciones y contratos, así como de determinados aspectos relativos a la aplicación de contratos.

Su función en los casos relativos a la concesión de contratos es analizar si se ha producido un error manifiesto en la evaluación o un error procedimental. También puede analizar si el organismo de la UE en cuestión actuó en consonancia con las disposiciones legales del contrato, el Reglamento Financiero de la UE y otras disposiciones legales aplicables, así como los principios de buena administración. El papel de la Defensora del Pueblo Europeo no es revaluar una propuesta de proyecto o licitación ni ejercer de mediadora en disputas contractuales.