Η ορθή διαχείριση των κονδυλίων της ΕΕ αποτελεί κομβικό τομέα δραστηριοποίησης της Ευρωπαίας Διαμεσολαβήτριας. Η ΕΕ παρέχει χρηματοδότηση με τη μορφή επιχορηγήσεων σε έργα ή οργανισμούς που προωθούν περαιτέρω τα κοινά συμφέροντα της ΕΕ ή συμβάλλουν στην υλοποίηση προγραμμάτων ή πολιτικών της ΕΕ. Η ΕΕ διαθέτει επίσης μέρος του προϋπολογισμού της σε δημόσιες συμβάσεις προμήθειας υπηρεσιών και εξοπλισμού για τις ανάγκες λειτουργίας των ευρωπαϊκών θεσμικών οργάνων ή για την υλοποίηση πολιτικών της ΕΕ.

Η Διαμεσολαβήτρια έχει σκοπό να διασφαλίσει ότι τα θεσμικά και λοιπά όργανα και οι οργανισμοί της ΕΕ διαχειρίζονται δεόντως τα προγράμματα χρηματοδότησης και τις προσκλήσεις υποβολής προσφορών. Για τον σκοπό αυτό, τα εν λόγω όργανα πρέπει να ενεργούν σύμφωνα με το οικείο νομικό πλαίσιο και να μεταχειρίζονται τους εταίρους χρηματοδότησης και τους αναδόχους ισότιμα και σύμφωνα με τις αρχές της χρηστής διοίκησης. Η Διαμεσολαβήτρια εξετάζει υποθέσεις που αφορούν την ανάθεση επιχορηγήσεων και συμβάσεων, καθώς και ορισμένες πτυχές που αφορούν την εκτέλεση των συμβάσεων.

Ο ρόλος της Διαμεσολαβήτριας στις υποθέσεις που αφορούν την ανάθεση συμβάσεων είναι να εξετάζει αν έχει υπάρξει πρόδηλη πλάνη εκτίμησης ή διαδικαστικό σφάλμα. Η Διαμεσολαβήτρια έχει τη δυνατότητα να εξετάσει αν ο εκάστοτε οργανισμός της ΕΕ ενήργησε σύμφωνα με τις νομικές διατάξεις της σύμβασης, τον δημοσιονομικό κανονισμό της ΕΕ και άλλες σχετικές νομικές διατάξεις, καθώς και σύμφωνα με τις αρχές της χρηστής διοίκησης. Ο ρόλος της Διαμεσολαβήτριας δεν είναι να επανεξετάζει τις προτάσεις επενδυτικών σχεδίων ή τις προσφορές που υποβάλλονται, αλλά να διαμεσολαβεί στις συμβατικές διαφωνίες.