Τα θεσμικά όργανα της ΕΕ πρέπει να διασφαλίζουν ότι το έργο τους δεν παραβιάζει τα ατομικά θεμελιώδη δικαιώματα. Ο ρόλος της Διαμεσολαβήτριας είναι να διασφαλίσει ότι τα όργανα αυτά διαθέτουν διαδικασίες και πρακτικές για να περιφρουρούν τα θεμελιώδη δικαιώματα και ότι οι εν λόγω διαδικασίες και πρακτικές εφαρμόζονται σωστά.

Σε ορισμένους τομείς στους οποίους δραστηριοποιούνται τα θεσμικά όργανα και οι οργανισμοί της ΕΕ είναι πολύ πιο πιθανό να διαπράττονται παραβιάσεις θεμελιωδών δικαιωμάτων, ενόψει μάλιστα των αυξανόμενων αρμοδιοτήτων της ΕΕ στους τομείς της διαχείρισης των συνόρων και του ασύλου. Στο ζήτημα αυτό έχει δώσει μεγάλη έμφαση η Διαμεσολαβήτρια.

Επίσης, ο προϋπολογισμός της ΕΕ πρέπει να εφαρμόζεται με γνώμονα τον σεβασμό των θεμελιωδών δικαιωμάτων και την προώθηση των δεσμεύσεων που έχει αναλάβει η ΕΕ για τα θεμελιώδη δικαιώματα, μεταξύ των οποίων συγκαταλέγονται και τα δικαιώματα των ατόμων με αναπηρία (με βάση τη Σύμβαση των Ηνωμένων Εθνών για τα δικαιώματα των ατόμων με αναπηρία). Τα ενδιαφερόμενα θεσμικά όργανα και οι οργανισμοί της ΕΕ έχουν καθήκον να παρακολουθούν και να ελέγχουν την τήρηση των δεσμεύσεων αυτών, και η Διαμεσολαβήτρια μπορεί να μεριμνά ώστε τα εν λόγω θεσμικά όργανα και οι εν λόγω οργανισμοί να επιτελούν αυτό το καθήκον.

Η Διαμεσολαβήτρια λαμβάνει τακτικά αναφορές από άτομα που πιστεύουν ότι τα δικαιώματά τους έχουν παραβιαστεί. Επίσης, μπορεί να διερευνά πιο συστημικά ζητήματα θεμελιωδών δικαιωμάτων που συνδέονται με το έργο της διοίκησης της ΕΕ.