God forvaltning af EU-midler er et centralt arbejdsområde for Den Europæiske Ombudsmand. EU yder finansiering i form af tilskud til projekter eller organisationer, der fremmer fælles EU-interesser eller bidrager til gennemførelsen af et EU-program eller en EU-politik. EU afsætter også en del af sit budget til offentlige udbud i forbindelse med indkøb af tjenesteydelser og materialer, der er nødvendige for EU-institutionernes arbejde eller gennemførelsen af EU's politikker.

Ombudsmanden søger at sikre, at EU's institutioner, organer, kontorer og agenturer forvalter finansieringsprogrammer og offentlige udbud korrekt. Det vil sige, at de handler i overensstemmelse med de relevante retlige rammer og håndterer finansieringspartnere og kontrahenter på en rimelig måde og i overensstemmelse med principperne om god forvaltning. Ombudsmanden behandler sager, der vedrører tildeling af tilskud og kontrakter samt visse aspekter vedrørende gennemførelsen af kontrakter.

Ombudsmandens rolle i sager om tildeling af kontrakter er at undersøge, om der foreligger et åbenbart fejlskøn eller en procedurefejl. Ombudsmanden kan undersøge, om det pågældende EU-organ har handlet i overensstemmelse med de retlige bestemmelser i kontrakten, EU's finansforordning og andre gældende lovbestemmelser samt principperne om god forvaltning. Ombudsmandens rolle er ikke at revurdere et projektforslag eller et tilbud eller at mægle i kontraktlige tvister.