EU-institutionerne skal sikre, at deres arbejde ikke krænker borgernes grundlæggende rettigheder. Ombudsmandens rolle er at sikre, at institutionerne har indført procedurer og praksis for at værne om de grundlæggende rettigheder, og at disse anvendes korrekt.

Nogle af EU-institutionernes og -agenturernes arbejdsområder er mere udsatte for potentielle krænkelser af grundlæggende rettigheder, navnlig i forbindelse med EU's voksende ansvar på områderne grænseforvaltning og asyl. Dette har været et særligt fokusområde for Ombudsmanden.

EU-budgettet skal også gennemføres på en måde, der værner om de grundlæggende rettigheder og fremmer EU's forpligtelser med hensyn til grundlæggende rettigheder, herunder handicappedes rettigheder (i henhold til FN's konvention om rettigheder for personer med handicap). De pågældende EU-institutioner og -agenturer har en rolle at spille i overvågningen og kontrollen heraf, og Ombudsmanden kan søge at sikre, at de varetager denne rolle.

Ombudsmanden modtager løbende klager fra personer, der mener, at deres rettigheder er blevet krænket. Hun kan også behandle mere systemiske spørgsmål om grundlæggende rettigheder i forbindelse med EU-forvaltningens arbejde.