Den Europæiske Ombudsmand kan behandle klager fra ansatte i EU-forvaltningen. Ombudsmanden har imidlertid ikke beføjelse til at omstøde en afgørelse, der er truffet af forvaltningen.

Inden den ansatte kontakter Ombudsmanden, skal vedkommende have gjort fuld brug af den gældende procedure for interne administrative klager. I de fleste tilfælde er proceduren den, der er fastsat i artikel 90 i EU's personalevedtægt.

Hvis en af EU's institutioner, organer, organisationer eller agenturer ikke har besvaret en anmodning om oplysninger fra en ansat, kan Ombudsmanden foreslå forvaltningen at svare, selv om den interne klageprocedure ikke er blevet anvendt.

EU-forvaltningen har vide skønsbeføjelser med hensyn til, hvordan den organiserer sine menneskelige ressourcer og evaluerer de ansattes resultater. Derfor indleder Ombudsmanden normalt kun en undersøgelse af en klage fra en ansat, hvis der er tegn på mulige åbenbare fejlskøn eller alvorlige proceduremæssige eller systemiske mangler.

Ombudsmanden spiller en formel rolle med hensyn til at sikre, at EU-forvaltningen overholder bestemmelserne i konventionen om rettigheder for personer med handicap (CRPD). Ombudsmanden er også med til at sikre, at EU-forvaltningen overholder sine forpligtelser i forbindelse med bekæmpelse af chikane.