Orgány EU musí zajistit, aby jejich práce neporušovala základní práva lidí. Úlohou veřejné ochránkyně práv je zajistit, aby měly zavedeny postupy a praxe pro prosazování základních práv a aby tyto postupy a praxe byly řádně uplatňovány.

Některé oblasti činnosti orgánů a agentur EU jsou více vystaveny možnému porušování základních práv, zejména v souvislosti s rostoucí odpovědností EU v oblasti správy hranic a azylu. Na tuto oblast se veřejná ochránkyně práv obzvláště zaměřila.

Rozpočet EU musí být rovněž plněn způsobem, který dodržuje základní práva a podporuje závazky EU v oblasti základních práv, včetně práv osob se zdravotním postižením (podle Úmluvy OSN o právech osob se zdravotním postižením). Příslušné orgány a agentury EU mají za úkol tuto činnost sledovat a ověřovat a veřejná ochránkyně práv se může snažit zajistit, aby tak činily.

Veřejná ochránkyně práv pravidelně přijímá stížnosti od jednotlivců, kteří se domnívají, že byla porušena jejich práva. Může se rovněž zabývat systematičtějšími otázkami základních práv v souvislosti s prací správy EU.