Evropská veřejná ochránkyně práv může zkoumat stížnosti zaměstnanců správy EU. Nemá však pravomoc rozhodnutí přijaté správou zvrátit.

Předtím, než se dotyčný zaměstnanec obrátí na veřejnou ochránkyni práv, musí plně využít příslušného interního postupu pro vyřizování správních stížností. Ve většině případů je postup stanoven v článku 90 služebního řádu EU.

Pokud však orgán, instituce nebo jiný subjekt Unie jednoduše neodpověděl na žádost zaměstnance o informace, může veřejná ochránkyně práv navrhnout správě, aby odpověděla, a to i v případě, že interní postup vyřizování stížností nebyl použit.

Správa EU má širokou posuzovací pravomoc, pokud jde o organizaci jejích lidských zdrojů a hodnocení výkonnosti zaměstnanců. Veřejná ochránkyně práv proto obvykle zahájí šetření stížnosti zaměstnance pouze v případě, že existují náznaky možných zjevně nesprávných posouzení nebo závažných procesních či systémových nedostatků.

Veřejná ochránkyně práv má formální úlohu při zajišťování toho, aby správa EU dodržovala ustanovení Úmluvy o právech osob se zdravotním postižením. Úřad veřejného ochránce práv se rovněž podílí na zajišťování toho, aby správa EU plnila své povinnosti týkající se postupů boje proti obtěžování.