EU-förvaltningen har många regler för att förebygga intressekonflikter eller andra etiska överträdelser. Ombudsmannen ska se till att dessa regler tillämpas och att institutionerna inte ger intryck av att etiska överträdelser kan inträffa.

Ett särskilt fokusområde för ombudsmannen är svängdörrsproblematiken, nämligen att offentliga tjänstemän lämnar EU-förvaltningen och i stället tillträder tjänster inom den privata sektorn (eller omvänt). Offentliga tjänstemän som går över till den privata sektorn kan försöka utnyttja nätverk som de hade tillgång till i sina tidigare funktioner eller försöka påverka EU:s lagstiftning eller reglering. Detta kan undergräva allmänhetens förtroende för EU-förvaltningen.

Även om det är normalt att intressegrupper försöker påverka EU:s demokratiska beslutsprocess är det viktigt att detta sker med största möjliga insyn för att minska oron för potentiella intressekonflikter. Insyn i lobbyverksamhet och intressegruppers kontakter med EU:s institutioner är återkommande frågor i ombudsmannens undersökningar.

Ombudsmannen kan undersöka etiska frågor som tas upp av klagande som är missnöjda med hur en viss institution har hanterat deras farhågor. Om hon får kännedom om potentiella farhågor hos allmänheten och anser att det finns skäl att undersöka en fråga kan hon dock också agera på eget initiativ.