Institucije EU morajo zagotoviti, da njihovo delo ne krši temeljnih pravic ljudi. Vloga varuhinje človekovih pravic je zagotoviti, da imajo institucije vzpostavljene postopke in prakse za zagotavljanje temeljnih pravic ter da se ti ustrezno uporabljajo.

Nekatera področja dela institucij in agencij EU so bolj izpostavljena morebitnim kršitvam temeljnih pravic, zlasti področja, povezana z vse večjimi odgovornostmi EU v zvezi z upravljanjem meja in azilom. Varuhinja človekovih pravic je zlasti osredotočena na to.

Tudi proračun EU je treba izvrševati na način, ki spoštuje temeljne pravice in upošteva zaveze EU v zvezi s temeljnimi pravicami, vključno s pravicami invalidov (v skladu s Konvencijo o pravicah invalidov). Ustrezne institucije in agencije EU imajo vlogo pri spremljanju ter preverjanju tega, varuhinja človekovih pravic pa si lahko prizadeva zagotoviti, da to tudi počnejo.

Varuhinja človekovih pravic redno prejema pritožbe posameznikov, ki menijo, da so bile njihove pravice kršene. Prouči lahko tudi bolj sistemska vprašanja s področja človekovih pravic, povezana z delom uprave EU.