V upravi EU veljajo številna pravila za preprečevanje nasprotja interesov ali drugih kršitev etike. Vloga varuhinje človekovih pravic je pomoč pri zagotavljanju, da se ta pravila izvajajo, in pomoč institucijam pri preprečevanju dojemanja, da bi lahko prišlo do kršitev etike.

Posebno področje, na katerega se osredotoča varuhinja človekovih pravic, je vprašanje pojava vrtljivih vrat, pri katerem javni uslužbenci zapustijo upravo EU in se zaposlijo v zasebnem sektorju (ali obratno). Javni uslužbenci, ki se zaposlijo v zasebnem sektorju, morda želijo izkoristiti mreže, do katerih so imeli dostop v nekdanjih vlogah, ali poskušajo vplivati na zakonodajo ali ureditev EU. Zaradi tega lahko pride do manjšega zaupanja javnosti v upravo EU.

Prizadevanje interesnih skupin, da bi vplivale na postopek demokratičnega odločanja v EU, je normalno, vendar je bistveno, da to poteka v skladu z najvišjimi standardi preglednosti, da bi ublažili pomisleke v zvezi z morebitnimi nasprotji interesov. Preglednost lobiranja in način komuniciranja interesnih skupin z institucijami EU sta pogosti temi preiskav varuhinje človekovih pravic.

Varuhinja človekovih pravic lahko preuči etična vprašanja, kadar nanje opozorijo pritožniki, ki niso zadovoljni z načinom, na katerega je zadevna institucija obravnavala njihove pomisleke. Vendar lahko deluje tudi na lastno pobudo in razišče vprašanja, kadar se seznani z morebitnimi pomisleki javnosti ter najde razloge za to.