V administratíve EÚ je zavedených množstvo pravidiel na predchádzanie konfliktom záujmov alebo iným porušeniam etiky. Úlohou ombudsmana je pomáhať zabezpečovať, aby sa tieto pravidlá uplatňovali, ako aj pomôcť inštitúciám pri predchádzaní vzniku dojmu, že by mohlo dochádzať k etickým pochybeniam.

Osobitnou oblasťou zamerania ombudsmana je tzv. jav otáčavých dverí, teda situácie, keď verejní činitelia odídu zo svojej pozície vo verejnej správe EÚ a nastúpia na pracovné miesto v súkromnom sektore (alebo opačne). Verejní činitelia, ktorí prešli do súkromného sektora, sa môžu snažiť využiť siete, ku ktorým mali prístup vo svojej predchádzajúcej funkcii, alebo sa môžu pokúšať ovplyvňovať právne predpisy či regulačnú činnosť EÚ. Môže sa tak oslabiť dôvera verejnosti v administratívu EÚ.

Na jednej strane je prirodzené, že záujmové skupiny sa snažia uplatniť svoj vplyv na demokratický rozhodovací proces EÚ, na druhej strane je však nevyhnutné, aby takéto postupy prebiehali podľa najprísnejších noriem transparentnosti s cieľom zmierniť obavy týkajúce sa potenciálnych konfliktov záujmov. Práve transparentnosť lobizmu a spôsob, akým záujmové skupiny komunikujú s inštitúciami EÚ, patria medzi neustále prítomné témy vo vyšetrovaniach vedených ombudsmanom.

Ombudsman môže preskúmať etické otázky, pokiaľ na ne poukážu sťažovatelia, ktorí vyjadria nespokojnosť s tým, ako príslušná inštitúcia riešila ich obavy. Môže však konať aj z vlastnej iniciatívy a prešetriť určitú záležitosť, v súvislosti s ktorou sa dozvie o možnej existencii obáv verejnosti, ak zistí, že je to odôvodnené.